1945年，游学归来的刑侦专家程慈航，在码头遭遇险情，多方权势为争夺一只铁箱大开杀戒。这只铁箱里，存放着日军细菌武器的绝密档案。警察厅厅长莫采石将铁箱存放在了档案馆密室内，却在夜里档案被盗，案情从此扑朔迷离。程慈航获悉此案事关日军细菌武器，向“叔叔”莫采石请战，总署刑侦警察局局长霍然随即特聘程慈航为布衣侦探。程慈航上任后，很快找到蛛丝马迹，顺藤摸瓜接连捕获重大线索，然而他却处处受阻，总有人抢先一步将相关人员杀人灭口，幕后黑手究竟是谁？这个丧失的档案又究竟在哪里？程慈航究竟如何破解迷局，一切尽在谜底尽在《昙花梦》里。