在风景秀丽，气候宜人的王冠市，即将举办神奇宝贝足篮世界杯竞赛，届时，大量的观众和练习师会涌入此处，全部城市将会陷入一片欢快的海洋之中。小智（松本梨香 配音）一行人正在前去王冠市的路上，旅途中，他们遇见了名为索罗亚的神秘神奇宝贝，它不仅能够幻化成人类的姿态，还能够通过心电感应和人类交流。 　　小智和索罗亚结伴前行，哪知道王冠市竟然发生了神奇宝贝暴动事件，雷公、炎帝和水君本是城市的守护神，却不知为何向市民们提议了进攻，城市之中一片纷乱气候。这一切的始作俑者是名为克林克斯（阵内孝则 配音）的企业家，而他亦是索罗亚想要寻找的同伴。