小智（松本梨香 配音）一行人在海上遇见了危险的风暴，流落到了橘子群岛中的亚西亚岛上，这里即将举办热闹的大型庆典，而小智在意外之中遇见了庆典的圣女弗卢拉（平松晶子 配音）。弗卢拉选中了小智作为庆典的“批示者”，他的任务是前去三圣岛，找到隐蔽在岛上的玻璃球。只有集齐三颗玻璃球，才能够正式开启庆典。
　　就这样，小智和伙伴们踏上了寻找玻璃球的旅途，哪知道不仅遇到了前来扰乱的火箭队，还遭到了闪电鸟的袭击。就在千钧一发之际，吉尔露现身捕获了闪电鸟，之后又妄图捕获急冻鸟，吉尔露的最终目的，是呼唤出传说中的神兽洛奇亚。让吉尔露没有想到的是，火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟之前竟然开始了激烈的战斗。