持续在世界各地进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音），历经长途跋涉终于来到了位于山谷丘陵处的目的地阿拉莫斯镇。小镇上矗立着象征时间与空间的时光之塔，新一轮的神奇宝贝竞赛将在塔的下方举办。小智一行走错了路，却由此结识当地的俏丽女孩艾丽丝（加藤ローサ 配音）。紧张的战斗与快乐的游玩，却未察觉危险正静静逼进。小智遭到恶梦精灵达库莱伊的袭击，虽然达库莱伊被当地所有人憎恶，但是它似乎想将某种危险、恐怖的信息及时传给小智一行，关于时空之塔的机密即将揭开…… 本片为神奇宝贝系列第十部电影剧场版。