扣人心弦的《赤色礼拜二》第二部再次席卷而来。天才黑客高木藤丸（三浦春马 饰）此次又会遇到什么棘手的问题呢？
　　第一部的最后，藤丸和其朋友力挽狂澜地阻拦了病毒危机。而此次他们面对的则是更加令人恐怖的核弹恐怖筹划。在病毒危机结束后两年，受其影响的藤丸决定再也不碰电脑，可是他还是不能组织自己和朋友九条音弥（佐藤健 饰）、高木遥（川岛海荷 饰）被卷入到新的筹划当中。载有核弹的飞机正在一点点向东京逼近，而东京的群众却毫不知情，为了避免东京遭受到核弹的重创，藤丸和音弥不得不继续开始奋战。而他们所面对的除了老对手折原玛雅（吉濑美智子 饰）和神崎润（成宫宽贵 饰）外，还有很多新人。而结果究竟如何呢？