恐怖分子在一间教堂里散布病毒，导致俄罗斯东部一座城市完全消失。同样的噩运即将降临日本，日本警视厅严阵以待，并请18岁的天才黑客高木藤丸（三浦春马 Haruma Miura 饰）协助介入其中。藤丸的父亲也是警察，原本负责这起案件，后因卷入误杀事件而被通缉。恐怖组织的折原麻弥（吉濑美智子 Michiko Kichise 饰）以生物老师的身份进入到藤丸所在的高中，并监视着藤丸。为了掩护妹妹小遥生命平安，藤丸不得已答应了恐怖组织的要求窃取发电厂治理员密码给对方。在百货公司里，致命的bloody—x病毒怀疑被小丑散布，警视厅出动所有人力，为求保住东京市，差点让所有人命丧当地。幸好藤丸及时发现病毒是假的，虚惊一场。但当所有人都暂时放下心来时，恐怖组织已经开始踏出真正的第一步。
　　Bloody Monday，是所有死去的人最后说出的话，也是最大的机密与阴谋。