《仁医2》完结篇延续前篇剧情，历史依旧向着既定方向有条不紊的前行，更多耳熟能详的历史角色悉数登场。南方仁（大泽隆夫 饰）以大夫的身份在江户时代生存了下来，所开设的医馆仁友堂亦步入正轨。一天他得知橘咲（绫濑遥 饰）的母亲患了当时广泛的脚气病，由此决意制造并普及可治愈该病的点心。与此同时，坂本龙马（内野圣阳 饰）出现在仁面前请求帮助。仁随龙马来到京都救治胜海舟的师父佐久间象山，竟从清醒的后者口中得知了惊人的旧事……禁门之变后京都满目疮痍，原本留下救人的仁被新撰组带至萨摩藩救治西乡隆盛。此后，坂本龙马牵线西乡隆盛与长州藩，促成萨长同盟。
　　亲历着幕末日本局面的陡然巨变，仁对自己之于这个时代意义有了崭新的熟悉。在不远的将来，他将从新相逢寻找新生活的野风（中谷美纪 饰），前篇中环绕在他们周身的谜团亦将一一获得解答。