就快放暑假了，小学生上原康一在放学回家的路上捡到一块大石头。他把石头带回了家，没想到用水一洗，里面竟跳出一只小河童来。小河童对他“咕”的叫了一声，于是康一就给它取名为“小咕”。
　　小咕会说人类的语言，几百年来他一直被埋在在地下。康一很快就和小咕成了好朋友，他们一起洗澡，一起吃饭，一起睡觉。而其它家庭成员也接收了小咕，小河童成了上原一家的机密。
　　一天，小咕提出想回家和伙伴们在一起。康一为了让小咕了解外面的世界，静静把它带了出去。小咕发现环境已经面貌全非，大吃了一惊，这个不合适就河童生存的地方根本就找不到伙伴。看到小咕惆怅，康一也不好受。他和小咕一起外出观光，来到了还保存着河童传说的远野县。两人在俏丽的大自然中找到了合适河童生活的地方，小咕愉快地在清亮的河里游了起来，康一也为它愉快。可是，在这里也怎么都找不到其它河童。康一听到村民们说“抓住一只河童能得一千万呢！”，赶忙带着小咕分开了那里。
　　回到家，康一讶异地撞见了一个小报记者。原来那人据说上原家养着一只河童，必定要拍照。小咕的机密终于被大家知道了。康一的爸爸被公司迫令必定要让河童上电视。为了上原一家，小咕答应参加电视节目。然而在到场嘉宾里，它看到了一个长得很像杀父凶手的人。就在小咕被恐怖包抄的时候，电视节目现场发生了意外。它拼命逃到了外面，然而无论跑到哪里都会看到黑压压的人群。
　　为了摆脱让它害怕的人类，小咕爬上了东京塔。夏季的骄阳照得它精疲力竭。小咕俯瞰着城市，独自低语道：“哪里都找不到一个安静的地方，这里是人类的窝。我已经不行了。我要去爸爸那里……”